Atendiendo a una política que busca, entre otras cosas, redefinir los límites geográficos y administrativos en torno a los que operan las diferentes regionales en  la búsqueda de una mayor eficiencia y operatividad, el Directorio del Insituto Nacional de Colonización ha resuelto por resolución   nº 22 del acta nº 4994 de fecha 3 de marzo de 2010, suprimir la regional de San Javier.

La regional de Paysandú, cercana geográficamente a la  regional de San Javier, pasará a ocuparse de las colonias e inmuebles de esta última, ampliándose su jurisdicción. Sin embargo la oficina regional de San Javier se mantendrá operativa para atender asuntos administrativos.